THESEUS: Γονιδιωματική του Κρητικού πληθυσμού στο χώρο και το χρόνο και η επίδραση στη Φυσιολογική
Ανοσολογική Απάντηση

Το Γονιδίωμα Αναφοράς του Ανθρώπου (ΓΑΑ) αποτελεί μια πολύ σημαντική πηγή πληροφορίας που έχει επιτρέψει σημαντική πρόοδο στον τομέα της ανθρώπινης υγείας. Η τελευταία του έκδοση είναι ένα μωσαϊκό από αλληλουχίες λιγοστών ανθρώπων. Νέες γονιδιωματικές μελέτες σε πληθυσμιακό επίπεδο φανέρωσαν την απουσία μεγάλου αριθμού δεδομένων από το ΓΑΑ που περιλαμβάναν τόσο ωφέλιμα όσο και επιβλαβή χαρακτηριστικά. Το έργο μας (THESEUS) θα δημιουργήσει μια μεγάλης κλίμακας γονιδιωματική αναφορά για τον πληθυσμό της Κρήτης, παρέχοντας πολλές ευκαιρίες για γενετικές ανακαλύψεις, συμβάλλοντας στην καλύτερη κατανόηση της γενετικής βάσης σύνθετων μεταβολικών χαρακτηριστικών και ασθενειών. Μέσω μιας ολοκληρωμένης γονιδιωματικής και ανοσολογικής ανάλυσης (ανοσοαποκρίσεων των μακροφάγων σε ένα ευρύ φάσμα παθογόνων) σε έναν ημιαπομονωμένο πληθυσμό (Κρήτες), το έργο στοχεύει να 1) δημιουργήσει το πρώτο, υψηλής ποιότητας, Κρητικό Παν-Γονιδίωμα (ΚΠΓ) ως βάση για βιοϊατρικές μελέτες, 2) μελετήσει τις γενετικές παραλλαγές που σχετίζονται με την ανοσία των μακροφάγων και τις συσχετίσεις με εξειδικευμένες οδούς ανοσοπαραγόντων των Κρητών, 3) αποκαλύψει τις διαδικασίες που επηρέασαν τη γενετική τους σύσταση και 4) διερευνήσει τις δυνάμεις που διαμόρφωσαν την ανθρώπινη φυλογεωγραφία στο νησί. Το ΚΠΓ θα αποτελέσει μια πολύτιμη πηγή για τον εντοπισμό, μη ανιχνεύσιμων κατά το παρελθόν, παραλλαγών που σχετίζονται με ασθένειες στους Κρήτες, συμβάλλοντας στην αυξανόμενη εφαρμογή της εξατομικευμένης ιατρικής στην πράξη με σημαντικό επιστημονικό και κοινωνικό αντίκτυπο. Ο συσχετισμός γενετικών παραλλαγών με διακριτούς ανοσοποιητικούς φαινοτύπους ως απόκριση σε διάφορα παθογόνα και περιβαλλοντικά ερεθισμάτα θα δώσει νέες γνώσεις για την εξέλιξη του ανοσοποιητικού συστήματος. Η κατανόηση της γενετικής βάσης της ανοσίας των Κρητικών θα χρησιμεύσει ως βάση για μελλοντικές μελέτες σχετικά με την παθογένεση πολυπαραγοντικών και πολυγονιδιακών ανθρώπινων διαταραχών και τον σχεδιασμό εξατομικευμένων θεραπειών.

ΑΠΟΙΚΙΑ: Αξιοποίηση των νέων τεχνολογιών ανάλυσης αρχαίου DNA στη σύγχρονη διεπιστημονική μελέτη και ανάδειξη του αρχαίου κορινθιακού αποικισμού. Το παράδειγμα της Αρχαίας Αμβρακίας και της Αρχαίας Τενέας ως επιδεικτικές εγκαταστάσεις Ειδική Δράση «Ανοιχτή Καινοτομία στον Πολιτισμό». Επιχειρησιακό Πρόγραμμα «ΑΝΤΑΓΩΝΙΣΤΙΚΟΤΗΤΑ, ΕΠΙΧΕΙΡΗΜΑΤΙΚΟΤΗΤΑ & ΚΑΙΝΟΤΟΜΙΑ» 2014-2020 (ΕΠΑνΕΚ).

Βασικός στόχος του έργου ΑΠΟΙΚΙΑ είναι να μελετήσει τους τρόπους με τους οποίους οι επιστήμες της αρχαιολογίας, της βιοαρχαιολογίας, της αρχαιογενετικής και της μουσειολογείας - μουσειογραφίας διασταυρώνονται με το μνημειακό και ανθρωπολογικό απόθεμα και συμπορεύονται με τις αναλύσεις υψηλής τεχνολογίας και τις μεθοδολογίες διάγνωσης, συντήρησης, τεκμηρίωσης και ανάδειξης των αρχαιολογικών βιολογικών καταλοίπων, προκειμένου να δημιουργήσουν νέες εικόνες, αντίληψη και αίσθηση για τον πολιτισμό μας, τις ανθρώπινες επεμβάσεις και τις συμπεριφορές του παρελθόντος. Σε αυτή την προσπάθεια βασική είναι η διεπιστημονική προσέγγιση στα αρχαιολογικά προβλήματα, ενώ σημαντική βοήθεια προσφέρουν καινοτόμες μεθοδολογίες που αφορούν τη χρήση νέων τεχνολογιών και στοχεύουν στην ανάδειξη του βιολογικού στοιχείου (σε επίπεδο ατόμου και πληθυσμού), που έρχεται να προστεθεί ως ένας σημαντικός φορέας πληροφορίας για το παρελθόν, πέρα από τα συνήθη αρχαιολογικά τεκμήρια (τέχνεργα και μνημεία), μεθοδολογίες που ενισχύουν τη μελέτη του φαινομένου του «αποικισμού» όχι ως ενός μονοσήμαντου γεγονότος, αλλά ως μιας δυναμικής αλληλεπίδρασης μεταξύ μητρόπολης και αποικίας και τέλος προσεγγίσεις που προβάλουν τη διασύνδεση όλων των παραπάνω σε μία ολοκληρωμένη παρουσίαση, η οποία θα απευθύνεται τόσο στο ευρύ όσο και σε ειδικό κοινό, με στόχο τη διεύρυνση και πρόσληψη της γνώσης και παράλληλα, την ενίσχυση της «πολιτισμικής εμπειρίας» του επισκέπτη. Με αυτό τον τρόπο στοχεύουμε στην κατανόηση του πολύπλοκου ιστού της αποικιακής εξάπλωσης μιας μητρόπολης (Αρχαία Κόρινθος: Αρχαία Τενέα) σε έναν πολύ καλά μελετημένο χώρο (Αρχαία Αμβρακία) και μέσα από ένα εμπλουτισμένο διεπιστημονικό πεδίο έρευνας, το οποίο αναζητά νέες οπτικές και βιωματικές εμπειρίες σε μια σειρά δράσεων ανάδειξης. Το έργο υλοποιείται στο πλαίσιο της Δράσης ΑΝΟΙΧΤΗ ΚΑΙΝΟΤΟΜΙΑ ΣΤΟΝ ΠΟΛΙΤΙΣΜΟ και συγχρηματοδοτείται από το Ευρωπαϊκό Ταμείο Περιφερειακής Ανάπτυξης (ΕΤΠΑ) της Ευρωπαϊκής Ένωσης και εθνικούς πόρους μέσω του Ε.Π. Ανταγωνιστικότητα, Επιχειρηματικότητα & Καινοτομία (ΕΠΑνΕΚ) (κωδικός έργου: Τ6ΥΒΠ-00191). 

NEOMATRIX: Ιχνηλατώντας τη Νεολιθική Εξάπλωση στη Μεσόγειο: Μια επιστημονική συλλογικότητα για την προώθηση της έρευνας στην Αρχαιογενωμική και την Εξελικτική Βιολογία στην Τουρκία.

Το έργο NEOMATRIX αποτελεί μια διεθνή επιστημονική συνεργασία που χρηματοδοτείται από το πρόγραμμα επιχορήγησης H2020 της Ευρωπαϊκής Επιτροπής στο πλαίσιο του European Twinning instrument. Το έργο είναι τριετούς διάρκειας και στοχεύει στην ενίσχυση των μακροπρόθεσμων σχέσεων και επιστημονικών συνεργασιών μεταξύ των υφιστάμενων και μελλοντικών χωρών της ΕΕ. Οι κύριες δράσεις του Προγράμματος περιλαμβάνουν εκπαίδευση μέσω δια-εργαστηριακών επισκέψεων για την ανάπτυξη μεθοδολογιών, σύντομες εκπαιδεύσεις και άλλες σχεδιασμένες δράσεις που θα προσελκύσουν τους νέους ερευνητές του MEAD. Όλες οι δράσεις έχουν ώς γνώμονα ένα κοινό ερευνητικό έργο για το οποίο όλες οι ομάδες θα συνεργαστούν ώστε να απαντήσουν ένα σύνθετο ερώτημα: την Νεολιθική εξάπλωση του ανθρώπου στη λεκάνη της Μεσογείου περίπου 8 χιλιάδες χρόνια πριν από σήμερα. Αυτό είναι ένα πρόβλημα για το οποίο μέχρι σήμερα δεν έχουν δοθεί ικανοποιητικές απαντήσεις και το οποίο στοχεύουμε να απαντήσουμε μέσα από την αλληλεπίδραση υπολογιστικών και πειραματικών τεχνικών. Για παράδειγμα στοχεύουμε να κατανοήσουμε το ρόλο της συγγένειας και των φύλων στην κοινωνία, και τις ενδεχόμενες σχέσεις τους με τις εξελισσόμενες κοινωνικές ανισότητες. Οι εταίροι του NEOMATRIX είναι οι εξής: (α) το πρώτο κέντρο αρχαίου DNA στην Ελλάδα που βρίσκεται στο Ίδρυμα Τεχνολογίας και Έρευνας (ΙΤΕ). Το εργαστήριο αρχαίου DNA στο ΙΤΕ χαρακτηρίζεται από εξειδίκευση στην πληθυσμιακή γενετική. (β) Το κέντρο Παλαιογενωμικής στο Πανεπιστήμιο της Στοκχόλμης (SU), το οποίο είναι ένα από τα πρωτοπόρα κέντρα γενωμικής και (γ) το Εργαστήριο Παλαιογενωμικής στο Ινστιτούτο Jacques Monod στο CNRS, το οποίο χαρακτηρίζεται από εξειδίκευση στην έρευνα αρχαίου DNA τόσο στον άνθρωπο όσο και στα ζώα, ειδικά για δείγματα που δεν έχουν διατηρηθεί σε ικανοποιητικό βαθμό. Το NEOMATRIX θα δημιουργήσει συνθήκες συνεργασίας ώστε να επεκταθεί το δίκτυο των αρχαιογενωμικών εργαστηρίων στην Ευρώπη, επιτρέποντας σε τοπικές ομάδες να παραγάγουν άριστη διεπιστημονική έρευνα.

Theodore Papazoglou FORTH Synergy Grants: Spectra-Gen

Το έργο Spectra-Gen, χρησιμοποιεί μοριακές φασματοσκοπικές τεχνικές ως μέθοδους προελέγχου για την αξιολόγηση της διατήρησης του DNA σε αρχαιολογικά κατάλοιπα. Οι τεχνικές αυτές αξιοποιούνται στην ανάπτυξη μιας ελάχιστα καταστροφικής μεθοδολογίας που επιτρέπει να επιλέξουμε τα αρχαία βιολογικά δείγματα που παρουσιάζουν μεγαλύτερη πιθανότητα να αποδώσουν DNA. Κατά αυτό τον τρόπο αποτρέπεται ο καταστροφικός χαρακτήρας της ανάλυσης αρχαίου DNA που αποτελεί σημαντικό μειονέκτημα κατά την εξαγωγή αρχαίου DNA από πολύτιμα και σπάνια βιολογικά δείγματα. 

ΠΡΟΗΓΟΥΜΕΝΗ ΧΡΗΜΑΤΟΔΟΤΗΣΗ

ARIADNEplus:

Το έργο ARIADNEplus είναι η επέκταση της προηγούμενης Δράσης Ολοκλήρωσης του έργου ARIADNE, που ενσωμάτωσε με επιτυχία υποδομές αρχαιολογικών δεδομένων της Ευρώπης, καταχωρώντας στο μητρώο του περίπου 2.000.000 σύνολα δεδομένων. Το ARIADNEplus βασίζεται κυρίως στα αποτελέσματα του ARIADNE, επεκτείνοντας και υποστηρίζοντας την ερευνητική κοινότητα που δημιούργησε το προηγούμενο έργο, στην οποία συγκαταλέγονται μερικοί από τους  σημαντικότερους ευρωπαϊκούς αρχαιολογικούς συλλόγους, ερευνητές, επαγγελματίες της πολιτιστικής κληρονομιάς, εθνικοί φορείς πολιτιστικής κληρονομιάς και ούτω καθεξής. Η νέα διευρυμένη συνεργασία της ARIADNEplus καλύπτει και περιλαμβάνει όλη την Ευρώπη. Επιστημονικοί Υπεύθυνοι από διαφορετικούς αρχαιολογικούς τομείς όπως η παλαιοανθρωπολογία, η βιοαρχαιολογία και η περιβαλλοντική αρχαιολογία και άλλων τομέων της αρχαιολογικής επιστήμης, συμπεριλαμβανομένων όλων των περιόδων της ανθρώπινης παρουσίας από την εμφάνιση των ανθρωποειδών μέχρι σήμερα. Οι Διακρατικές Δράσεις μαζί με την προγραμματισμένη εκπαίδευση θα ενισχύσουν περαιτέρω την παρουσία της ARIADNEplus ως βασικό παράγοντα στην έρευνα. Η τεχνολογία που βασίζεται το έργο αποτελεί τεχνολογία ακμής. Η υποδομή δεδομένων ARIADNEplus θα ενσωματωθεί σε ένα σύννεφο που θα προσφέρει Εικονικά Περιβαλλόντα Έρευνας όπου θα μπορεί να πραγματοποιηθεί αρχαιολογική έρευνα βάσει δεδομένων. Το έργο ακολούθως θα αναπτύξει μια προσέγγιση Συνδεδεμένων Δεδομένων. Καινοτόμες υπηρεσίες θα διατίθενται στους χρήστες, όπως οπτικοποίηση, σχολιασμός, εξόρυξη κειμένου και διαχείριση γεωχρονικών δεδομένων. Παράλληλα θα αναπτυχθούν καινοτόμα πιλοτικά προγράμματα για τη δοκιμή και την επίδειξη των δυνατοτήτων καινοτομίας του ARIADNEplus.